重返大气层后，导弹抵达方针区域上方继而射中方针，这一阶段被称为重返大气层阶段，或许叫末段。

  针对导弹的三种飞翔阶段，自然而然也就别离对应了三种阻拦方法：“助推段”防护体系、“中段”防护体系、“末段”防护体系。

  之所以要在中段进行阻拦，是因为在导弹的抛物线飞翔弹道中，中段速度比末段低许多 ，并且处于大气层以外，搅扰少、方针特征显着 ，一起弹道导弹在中段飞翔时刻更长，让反导体系有满足反应时刻，进步阻拦成功率。

  这期间要进行雷达辨认、判别轨道、速度、并进行盯梢，再发射阻拦弹进行动能碰击，和对方发射的导弹弹头对撞，其技能难度非常大，是导弹防护技能中最具挑战性的部分。

  军事专家刘晓峰表明，中段阻拦的导弹一般分量大、动能大，这要求中段反导动能也要大，飞翔速度要快，发射时机要准。一起，陆基处于后方安全环境，且对空间、分量的约束较少，还具有进行长途预警、快速阻拦的优势，靠陆基处理更抱负。